Los principales temas científicos centrales para el periodo 2007-2012 son:

1. Variabilidad oceanográfica tropical y subtropical a gran escala (El Niño Oscilación del Sur ENSO, decadal/interdecadal) y su interacción con procesos oceanográficos locales (surgencia, estructuras de mesoescala): consecuencias en la biogeoquímica, circulación y ecología presente y pasada del Pacífico Sur-Oriental
2. Estructura, funcionamiento y dinámica de la Zona de Mínimo Oxígeno OMZ en el Pacífico Sur-Oriental: su rol en el sistema climático y los efectos del cambio climático global sobre ella
3. Oceanografía del sur de Chile, incluyendo el sistema de fiordos y canales: circulación, masas de agua, Deriva del Oeste, variabilidad presente y pasada de la productividad biológica y los ciclos biogeoquímicos

Los temas de investigación están basados en las preguntas que conformaron el marco teórico de los estudios iniciales de COPAS (impacto de ENSO y otros fenómenos de gran escala en el Pacífico Sur-Oriental, estructura y funcionamiento de la OMZ, Agua Intermedia Antártica)

El conocimiento obtenido en la Fase I (2002-2007) es un respaldo sólido sobre el cual se logrará un conocimiento científico más profundo. Durante la Fase II (2007-2012) se dará énfasis a entender las dinámicas de los procesos y sus mecanismos subyacentes, así como su relación con el clima, presente y pasado. Una visión más holística del funcionamiento del ecosistema es, sin duda, un desafío mayor que investigaremos mediante el uso de síntesis y herramientas de modelamiento.

Los tres temas principales están siendo tratados desde un punto de vista multidisciplinario y sinérgico, a través de seis programas de investigación (RPs). Los esfuerzos integrados entre los distintos Programas de Investigación incluyen:

• Serie de tiempo frente a Concepción
• Anclajes
• Experimentos y cruceros conjuntos
• Cruceros integrados, orientados al entendimiento de procesos oceanográficos
• Talleres
• Publicaciones conjuntas entre los 6 programas de investigación
• Presentaciones conjuntas en congresos nacionales e internacionales
• Curso Multidisciplinario TOPAS