Los principales temas cient�ficos centrales para el periodo 2007-2012 son:
Los temas de investigaci�n est�n basados en las preguntas que conformaron el marco te�rico de los estudios iniciales de COPAS (impacto de ENSO y otros fen�menos de gran escala en el Pac�fico Sur-Oriental, estructura y funcionamiento de la OMZ, Agua Intermedia Ant�rtica)
El conocimiento obtenido en la Fase I (2002-2007) es un respaldo s�lido sobre el cual se lograr� un conocimiento cient�fico m�s profundo. Durante la Fase II (2007-2012) se dar� �nfasis a entender las din�micas de los procesos y sus mecanismos subyacentes, as� como su relaci�n con el clima, presente y pasado. Una visi�n m�s hol�stica del funcionamiento del ecosistema es, sin duda, un desaf�o mayor que investigaremos mediante el uso de s�ntesis y herramientas de modelamiento.
Los tres temas principales est�n siendo tratados desde un punto de vista multidisciplinario y sin�rgico, a trav�s de seis programas de investigaci�n (RPs). Los esfuerzos integrados entre los distintos Programas de Investigaci�n incluyen: