Los principales temas científicos centrales para el periodo 2007-2012 son:
Los temas de investigación están basados en las preguntas que conformaron el marco teórico de los estudios iniciales de COPAS (impacto de ENSO y otros fenómenos de gran escala en el Pacífico Sur-Oriental, estructura y funcionamiento de la OMZ, Agua Intermedia Antártica)
El conocimiento obtenido en la Fase I (2002-2007) es un respaldo sólido sobre el cual se logrará un conocimiento científico más profundo. Durante la Fase II (2007-2012) se dará énfasis a entender las dinámicas de los procesos y sus mecanismos subyacentes, así como su relación con el clima, presente y pasado. Una visión más holística del funcionamiento del ecosistema es, sin duda, un desafío mayor que investigaremos mediante el uso de síntesis y herramientas de modelamiento.
Los tres temas principales están siendo tratados desde un punto de vista multidisciplinario y sinérgico, a través de seis programas de investigación (RPs). Los esfuerzos integrados entre los distintos Programas de Investigación incluyen: